رياست عمومي محابس و توقيف خانه هاي وزارت عدليه بعنوان تنها مرجع نگهداري محبوسين و توقيف شدگان در كشور مي باشد .

 اهم وظايف رياست عمومي محابس و توقيف خانه ها قرار ذيل است :

• نگهداري محبوسين و توقيف شدگان .

• تطبيق جزاي حبس در محابس بر اساس حكم نهايي محكمه .

• تامين حقوق محبوسين و اشخاص تحت توقيف در محابس و توقيف خانه ها .

• تطبيق قانون محابس و توقيف خانه و ساير قوانين نافذه در مورد محبوسين و توقيف شدگان .

• برقراري نظم و امنيت داخلي و خارجي محابس و توقيف خانه ها .

• مراقبت از محابس و توقيف خانه ها و تاسيسات مربوط و اعمار و بازسازي ساختمانهاي محابس مطابق با معيارهاي بين المللي .

• مواظبت از وضع معيشتي  و باز پروري محبوسين در محابس و توقيف خانه ها .

• تشريك مساعي با ارگانهاي عدلي و قضايي كشور .

• فراهم نمودن زمينه هاي تعليم و تربيه، آموزشهاي حرفوي، فعاليتهاي فرهنگي و تفريحي و ساير سهولتهاي لازم براي محبوسين و توقيف شدگان در محابس و توقيف خانه ها .

• ارائه خدمات صحي رايگان با همكاري وزارت صحت عامه براي محبوسين و توقيف شدگان .

• مساعد ساختن زمينه هاي انجام آزادانه فرايض ديني و مذهبي براي محبوسين و توقيف شدگان .

• تنظيم فعاليتهاي صناعتي و زراعتي محابس و توقيف خانه ها .

• تنظيم و ترتيب راپورهاي احصائيوي محبوسين .

• تنظيم و ايجاد دورهاي آموزشي براي كدرهاي مسلكي محابس كشور .

بمنظور تامين حقوق محبوسين و اشخاص تحت توقيف در محابس و توقيف خانه هاي كشور، قانون جديد محابس و توقيف خانه ها در ۸ فصل و ۵۴ ماده تدوين و در مورخ ۲۱/۱/۱۳۸۴ توشيح گرديده است، و هم اكنون محبوسين و توقيف شدگان مطابق با قانون مذكور نگهداري مي شوند. طبق اين قانون شوراي عالي محابس و توقيف خانه ها به منظور رهبري و هماهنگ ساختن فعاليتهاي وزارت ها و ادارات در زمينه محابس و توقيف خانه ها و تنظيم موثر فعاليتهاي مربوط به آن تشكيل گرديده است. اين شوراي عالي با تركيب ذيل تشكيل مي گردد :

• وزير عدليه به حيث رئيس .

• معاون لوي سارنوال به حيث معاون .

• نماينده با صلاحيت ستره محكمه به حيث عضو .

• معين وزارت امور داخله به حيث عضو .

• معين وزارت صحت به حيث عضو .

• معين وزارت معارف به حيث عضو .

• معين وزارت كار و امور اجتماعي به حيث عضو .

• معين وزارت امور زنان به حيث عضو .

• معاون رياست عمومي امنيت ملي به حيث عضو .

• نماينده كميسيون مستقل حقوق بشر به حيث عضو .

• يك نماينده از جامعه مدني به تشخيص وزير عدليه به حيث عضو .

• رئيس عمومي محابس و توقيف خانه ها به حيث منشي .

شورا عالي محابس و توقيف خانه ها، رهبري كليه امور محابس و توقيف خانه ها را در سطح كشور بر عهده دارد. شوراي عالي محابس و توقيف خانه ها هر سه ماه يكبار تشكيل جلسه مي دهد، و جلسات فوق العاده با تصميم رئيس شورا و يا پيشنهاد يك ثلث اعضاء داير مي شود. همچنين لازم به ياد آوري  است كه جلسات شوراي عالي در غياب وزير عدليه تحت رياست معين اين وزارت داير مي گردد .

لازم به ياد آوري است كه رياست محابس و توقيف خانه ها در تمام ۳۴ ولايت كشور محبس و در ۲۰۳ ولسوالي توقيف خانه دارد .

همچنين اصلاحات فعلي در اين رياست توسط تيم كاري متشكل از وزارت عدليه، كميسيون مستقل اصلاحات اداري و برخي كارشناسان موسسات بين المللي صورت مي گيرد .